芮斌  
Rb
性    别:
单    位:
生命科学学院
专业名称:
代谢组学
研究方向:
1 癌症或者疾病细胞的代谢响应机制 2 细胞代谢组学与代谢流量的方法学 3 药物生产的代谢工程方法。
技术职务:
讲师
行政职务:
办公电话:
18255108268
办公传真:
 E-mail:
happyrbinyeah.net
实验室主页:
通讯地址:
邮政编码:

2010年12月进入安徽农业大学生命科学学院从事教学科研工作。2002年于江南大学生物工程学院获发酵工程专业工学硕士学位,师从陶文沂教授,主要从事曲酸发酵及衍生化方面的研究工作。2010年于中国科学技术大学生命科学学院获生物化学与分子生物学专业理学博士学位,师从施蕴渝院士和吴季辉教授,在合肥微尺度科学国家实验室主要从事于大肠杆菌碳中心代谢系统在氧化应激状态下代谢流分配方面的研究工作。研究兴趣聚焦于代谢流系统在外界胁迫或生物内部结构扰动情况下的瞬态过程,稳定机制和适应性进化原理,同时涉及对于代谢系统的理论建模。  学术方向包括1 癌症或者疾病细胞的代谢响应机制  2  细胞代谢组学与代谢流量的方法学  3  药物生产的代谢工程方法。

 主讲课程
《生物化学》;《代谢组学》;《生化分离工程》;《生命科学导论》
 
 科研情况

在中国科学技术大学微尺度物质科学国家实验室攻读博士学位期间,与项目组成员从无到有并独立地建立起了国内较早和较成熟的细胞同位素标记的代谢流分析平台,并且对细胞同位素标记的代谢流分析方法的一些步骤进行了较有意义的改进,创意并实现了一种具有普适性的提高质谱分析同位素异构体精度的方法,实现了利用凸集原理改善代谢流量估计的算法。在该平台上完成了大肠杆菌超氧化物稳态应激时的碳中心代谢流分析,并利用代谢流量比率分析和多目标优化对大肠杆菌超氧化物稳态应激时的碳中心代谢系统的响应进行实验确证和理论分析,发现了许多氧化应激的代谢靶点,完善了大肠杆菌代谢系统氧化应激响应模型。利用基元模式分析研究了过氧化应激和超氧化应激所导致的代谢响应的共性与个性。并发现代谢流量分布呈现出对铁离子浓度扰动的鲁棒性。
此外,攻读学位期间还进行了人类UBF基因的克隆、表达质粒的构建以及相关蛋白质的表达、纯化,在蛋白质研究方面也具备了较好的工作基础。 目前主要从事利用13C代谢流分析技术研究大肠杆菌的中心代谢系统及其调控机制的工作。

 获奖情况
2006年参加第十四届全国波谱学学术会议,获得最佳POSTER奖 一等奖
 论文论著

发表文章 ( †共第一 *共通讯)
1 Bin Rui, Tie Shen, Han Wen* (2015) Interpretation and integration of 13C-fluxomics data. Metabolomics: Open Access 5: 138-140. 
2 Bin Rui†, Yin Yi†, Tie Shen, Meijuan Zheng, Wenwei Zhou, Honglin Du, Yadong Fan, Yongkang Wang, Zhengdong Zhang, Shengsheng Xu, Zhijie Liu, Han Wen*, Xiaoyao Xie* (2015) Elementary flux mode analysis of NADPH regeneration capacity of Escherichia coli’s central carbon metabolism.  Plos One 10(6): e0129837. 
3 Zhengdong Zhang†, Tie Shen†, Bin Rui†, Wenwei Zhou, Xiangfei Zhou, Chuanyu Shang, Chenwei Xin, Xiaoguang Liu, Gang Li, Jiansi Jiang, Chao Li, Ruiyuan Li, Mengshu Han, Shanping You, Guojun Yu, Yin Yi, HanWen*, hijie Liu* and Xiaoyao Xie* (2015) CeCaFDB: a curated database for the documentation,visualization and comparative analysis of Central Carbon metabolic Flux Distributions explored by 13C-fluxomics.Nucleic Acids Research 43(D1): D549–D557  
4 Bin Rui, Tie Shen, Hong Zhou, Jianping Liu, Jiusheng Chen, Xiaosong Pan, Hanyan Liu, Jihui Wu, Haoran Zheng and Yunyu Shi. (2010) A systematic investigation of Escherichia coli central carbon metabolism in response to superoxide stress. BMC Systems Biology high accessed 4:122 
5 Tie Shen, Bin Rui, Hong Zhou, Ximing Zhang, Yin Yi, Han Wen, Haoran Zheng, Jihui Wu and Yunyu Shi (2013) Metabolic flux ratio analysis and multi-objective optimization revealed a globally conserved and coordinated metabolic response of E. coli to paraquat-induced oxidative stress. Molecular BioSystems 9(1):121-32.
6 Bin Rui†, Gang Li†, CongChong Wei, Yadong Fan,Yongkang Wang, Wenfeng Wang, Weichen Xin, Yi Yang and Han Wen * (2014) Research on the metabolic network of Bacillus Subtilis by Constraints Based Reconstruction and Analysis. JOURNAL OF PURE AND APPLIED MICROBIOLOGY Vol. 8 No. 4 
7 Bin Rui,Yongkang Wang,Wenfeng Wang,Chen Zhang,Kuanchao
Zhang,Yadong Fan,Yifan Xie,Hongxian Zhang,Han Wen(*),LC-MSMS detection of
central carbon metabolismusing the collision fragments method,Journal of Pure
and Applied Microbiology,2015,5(4):115-122

8 Bin Rui†, Han Wen†*, Yadong Fan, Yongkang Wang, Kuanchao Zhang, Yuanshuai Li and Xiaoyao Xie* (2015) The response to the environmental stress of key enzymes activities in central carbon metabolic system of E. coli .JOURNAL OF PURE AND APPLIED MICROBIOLOGY Vol. 8 No. 4 
9 Tie Shen, Weiqun Shen, Ying Xiong, Haiyan Liu, Haoran Zheng, Hong Zhou, Bin Rui, Jianping Liu, Jihui Wu, Yunyu Shi. (2009) Increasing the accuracy of mass isotopomer analysis through calibration curves constructed using biologically synthesized compounds. Journal of Mass Spectrometry 44(7):1066-80.
10 Hong Zhou, Haoran Zheng, Tie Shen, Bin Rui. (2009) Flux Balance Analysis within Physiologically Feasible Region. 3rd International Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering pp. 1-4.
11 Jiusheng Chen, Haoran Zheng, Haiyan Liu, JunqingNiu, Jianping Liu, Tie Shen, Bin Rui and Yunyu Shi. (2007) Improving metabolic flux estimation via evolutionary optimization for convex solution space. Bioinformatics 23(9):1115-1123
12 芮斌, 金杰军, 范亚东, 文汉* 大肠杆菌酶基因缺失菌株碳中心代谢系统的代谢通量分析. 华中师范大学学报, 2014, 48(2):251-256
13 芮斌, 谢长林, 江娜, 文汉* E.coli T蛋白CM原核表达及核磁方法指导下的晶体优化. 中国生物工程杂志, 2013, 33(9):38-44